Costumière de cinéma et de théâtre, Cécile Magnan a été la première grande histoire d'amour de Gérard Jugnot. Si très peu de détails ont été révélés sur leur relation, on sait que Cécile Magnan a travaillé avec l'acteur sur de grands succès du cinéma français comme Les Bronzés (1978) ou Le Père Noël est une ordure (1982). Le couple a accueilli un petit garçon prénommé Arthur en 1980. Après plus de vingt ans passés ensemble, Cécile Magnan et Gérard Jugnot se sont finalement séparés en 2003 tout en restant bons amis. Ils ont d'ailleurs travaillé une nouvelle fois ensemble en 2005 lors du tournage du film Les Bronzés 3.
Fruit de leur amour, Arthur Jugnot (aujourd'hui âgé de 39 ans) a suivi l'exemple de ses parents. Le jeune homme a créé une société de production appelée LardEnfer et dirige un théâtre à Avignon Les Béliers. À Paris, il gère également le Théâtre des Béliers parisiens. Arthur Jugnot est apparu dans plusieurs films comme Les Bronzés 3 (2006), Je vous trouve très beau (2005) ainsi que dans plusieurs films réalisés par son papa : Meilleur espoir féminin (en 2000), Monsieur Batignolle (en 2001), Rose et noir (en 2009) et C'est beau la vie quand on y pense (en 2017). Côté vie privée, Arthur Jugnot a eu un fils prénommé Célestin (né en mars 2013) avec Cécilia Cara.
Après sa rupture avec Cécile Magnan, Gérard Jugnot a été en couple près de dix ans avec la comédienne Saïda Jawad (rencontrée en 2003). Suite à cette relation, l'acteur s'est marié avec Patricia Campi (de trente ans sa cadette) en 2016.