La famille de Tom Cruise et Nicole Kidman est plus que jamais dans l'oeil du cyclone, en raison de ses liens avec la scientologie. Après sa fille aînée adoptive Isabelle qui a fait l'éloge du culte controversé, c'est au tour de son fils Connor, dont la mère est aussi l'actrice australienne, de faire des siennes. Selon RadarOnLine, le héros de Mission : Impossible aurait blacklisté son ex-femme du mariage de son fils avec une "princesse scientologue".
À 24 ans, Connor Cruise a prévu d'épouser sa petite amie de 24 ans, d'origine italienne, Silvia Zanchi. D'après RadarOnLine, "Tom ne songe pas une seconde à ce que Nicole soit invitée aux noces de leur fils" car elle est considérée comme une suppressive person, c'est-à-dire une ennemie de la scientologie – il est notoirement connu que ce sont les croyances de l'acteur qui ont entraîné leur divorce. La future mariée est considérée comme très liée à cette église, ayant quitté l'Italie avec sa famille pour vivre en Floride, haut-lieu de la scientologie. Ces mêmes sources affirment que Tom Cruise adore sa future belle-fille et qu'il est ravi qu'elle soit une membre investie dans cette "religion". Très proche de son papa, Connor Cruise, ex-DJ et pêcheur chevronné selon son Instagram, marche sur ses traces en ce qui concerne ses croyances. Il est installé à Clearwater en Floride dans une résidence scientologue où son père a fait construire un penthouse très luxueux.
Aux dernières nouvelles, le jeune homme était toutefois en couple avec Phylicia Bugna, charmante demoiselle passionnée de pêche comme lui.
Depuis leur séparation en 2001, Tom Cruise a obtenu la garde de ses deux enfants et l'on n'a pas vu Nicole Kidman avec ses aînés ces dernières années. Maman de Sunday (10 ans) et Faith (8 ans), nées de son mariage suivant avec Keith Urban, elle a, en de rares occasions, évoqué ses liens avec Connor et Isabella, laissant entendre que leurs liens s'étaient grandement distendus. Ainsi, l'an dernier elle déclarait à Who magazine : "Ils sont adultes. Ils sont capables de prendre leurs propres décisions. Ils ont fait le choix d'être scientologues et, en tant que mère, c'est mon boulot de les aimer."
L'importance de la scientologie dans la vie de Tom Cruise aurait également eu des conséquences sur sa relation avec sa dernière ex-épouse Katie Holmes et leur fille, Suri, 12 ans. En effet, dans sa déposition pour diffamation contre des tabloïds en 2013, il avait abordé la question sensible de la scientologie, révélant que sa fille cadette ne pratiquait plus cette religion. Quand on lui avait demandé si Katie Holmes (qui a la garde principale de l'enfant) avait divorcé pour protéger sa fille de la scientologie, il avait indiqué qu'il trouvait la question agressive : "Il n'y a pas besoin de protéger ma fille de la scientologie." Cependant, il aurait ajouté : "C'est un des motifs [de divorce, NDLR] oui, mais il y a beaucoup d'autres aspects dans ce divorce." Néanmoins, selon People Magazine, Tom Cruise avait par la suite fait parvenir à la justice un document pour amender ses déclarations : "Katie ne m'a jamais dit que la scientologie était l'une des raisons de notre divorce."