Going Clear, tiré du livre du même nom de Lawrence Wright, fait des révélations troublantes sur l'un des membres les plus connus de la scientologie : Tom Cruise. Le documentaire assure que l'église a usé de différentes tactiques pour mettre fin au couple que l'acteur formait avec Nicole Kidman. "Je devais faciliter la séparation avec Nicole Kidman", déclare ainsi Marty Rathbun, ex-numéro 2 de la scientologie qui a quitté l'organisation en 2004. Le grand chef, David Miscavige, était très méfiant vis-à-vis de Nicole Kidman, dont le père, Antony Kidman (mort en 2014), était un psychologue australien réputé. En effet, la secte est profondément opposée à la psychiatrie et la psychologie et pour Rathbun, l'actrice était considérée comme une PTS (Potential Trouble Source, "source potentielle de problème"). Une appellation donnée aux personnes d'une façon ou d'une autre liées à la scientologie mais qui lui sont néfaste, voire qui constituent un ennemi (suppressive person dans le jargon de la scientologie).
Selon le documentaire d'Alex Gibney, de 1992 à 2001, Nicole Kidman, élevée dans le catholicisme, était parvenue à convaincre son mari de s'éloigner de l'église de scientologie. Durant le tournage d'Eyes Wide Shut, sous la direction de feu Stanley Kubrick, Tom Cruise ne rappelait plus Miscavige, alors même qu'ils avaient toujours été proches (Miscavige était même son témoin lors du mariage de l'acteur avec Kidman). Dans l'oeuvre controversée, Rathbun affirme que l'église de scientologie a mené une campagne agressive pour que Cruise mette fin à son mariage, allant jusqu'à engager un détective privé et mettre sur écoute le téléphone de l'héroïne de Moulin Rouge!. La personnalité de Tom Cruise avait aussi été passée au peigne fin, l'analyse allant jusqu'à prétendre qu'il avait des tendances fétichistes sexuelles perverses... Rathbun ajoute que l'église a "rééduqué" les enfants adoptifs du couple, Connor et Isabella, pour les retourner contre leur mère et faire en sorte que leur père obtienne leur garde.
Des révélations qui provoquent la colère de la scientologie. Le générique de fin du documentaire précise que ni Tom Cruise et ni Nicole Kidman n'ont souhaité être interviewés. La comédienne oscarisée n'a jamais évoqué la scientologie comme une source de ses problèmes, ciblant systématiquement la pression des médias comme l'une des causes de leur divorce.
Ce qui est certain, c'est qu'après son divorce en 2001, Tom Cruise a été de plus en plus actif auprès de l'organisation, recevant en 2004 la médaille de la "Valeur" de la scientologie et devenant l'un de ses porte-parole les plus actifs à Hollywood. Le 3 décembre 2013, plusieurs anciens membres de la secte avaient fait des déclarations étonnantes dans des témoignages remis à la justice dans le cadre de la plainte de Monique Rathbun (la femme de Marty Rathbun) contre la scientologie et son leader David Miscavige. Ils ont assuré avoir été sommés de remplir des missions pour répondre à des besoins de Tom Cruise, comme notamment la rénovation de sa maison, la réparation de sa voiture... Une affaire qui s'ajoutait à d'autres, comme celle des castings de mariage organisés pour trouver une dulcinée au héros de Mission : Impossible.