Comme son frère, elle était comédienne. Elle commence sa carrière au théâtre. À la fin des années 70, celle qui a reçu une éducation de danseuse, joue Tchekov, Beckett ou Lorca. Roger Hanin lui donne l'un de ses premiers rôles notables dans Train d'enfer en 1984 pour le grand écran. Isabelle Caubère enchaîne alors les seconds rôles au cinéma et l'on croise son regard bleu dans L'étudiante avec Sophie Marceau.
En 2001, elle fait partie de la belle aventure Sur mes lèvres de Jacques Audiard avec Vincent Cassel et Emmanuelle Devos. Elle tourne sous la direction de Benoît Jacquot (Adolphe), Aruna Villiers (À ton image), Florence Quentin (Olé !), Laurent Tirard (Molière) et James Huth pour le délirant Brice de Nice.
En 2007, elle tourne son dernier film. C'est Florence Quentin qui la dirige dans Leur morale... et la nôtre.
Sa dernière pièce de théâtre, en 2008, était celle d'Alain Cauchi, intitulée Belle(s) Famille(s).
Isabelle Caubère est décédée à l'âge de 55 ans. Elle laisse derrière elle une famille inconsolable, ses frères et sa fille Juliette. Un recueillement aura lieu le lundi 19 avril à 13h50 au Père Lachaise.
Toutes nos condoléances à sa famille.