Dans les années 1990, Samuel Labarthe est tombé fou amoureux de l'actrice russe Elena Safonova. Mariés en 1992, le couple accueille un petit garçon prénommé Alexandre deux ans plus tard. Malheureusement seulement quelques années après la naissance de leur fils, l'acteur et la comédienne décident de se séparer, en 1997.
Lassée de la France, l'actrice décide de repartir dans pays d'origine, la Russie en laissant la garde exclusive de leur fils à son ex-mari. "J'avais trente-deux ans quand Sacha est né et, à l'époque, j'ai été l'un des rares papas à avoir eu la garde de mon fils. Au départ, quand on a un enfant avec quelqu'un, on n'a pas envie que ça se passe comme ça. Mais aujourd'hui ils se sont retrouvés, et ça c'est formidable", avait expliqué l'acteur aux journalistes du magazine Gala.
Quelques années après son divorce, Samuel Labarthe retrouve l'amour dans les bras de la comédienne Hélène Médigue. Une belle-mère très protectrice avec Alexandre, qu'elle a rapidement considéré comme son propre fils. Celui-ci a d'ailleurs confié lors d'une interview avec son père qu'il l'appelait sa "deuxième maman". Connue pour son rôle de Charlotte dans la série Plus belle la vie, Hélène Médigue donne naissance à trois enfants avec Samuel Labarthe : leurs jumelles nées en 2001, Louise et Jeanne, puis une fille prénommée Mathilde née le 2 août 2009 (sa marraine est Line Renaud). Après plusieurs années de bonheur, le couple s'est finalement séparé en 2016.
Proche de sa belle-mère et de ses demi-soeurs, Alexandre Labarthe a suivi les traces de ses parents et a choisi de devenir comédien. Il est d'ailleurs apparu dans l'épisode 22 de la saison 2 des Petits Meurtres d'Agatha Christie, diffusé le 7 septembre 2018 sur France 2. "Il a passé le casting comme les autres et il a convaincu tout le monde donc chapeau !", confiait Samuel Labarthe à Allociné, ajoutant avec beaucoup de fierté : "c'est la première fois qu'il avait autant de scènes à jouer et un personnage à défendre (...) C'était drôle de jouer ensemble. A chaque fois que je tournais la tête, je voyais mon petit bonhomme à tous les âges."