Visé par l'affaire Bygmalion, Patrick de Carolis a été mis en examen pour "favoritisme" dans l'enquête sur des contrats passés entre la société de communication, créée par Bastien Millot (lui aussi mis en examen), l'un de ses proches, et le groupe France Télévisions dont il était le président de 2005 à 2010. Dans un communiqué, le présentateur de l'émission Des racines et des ailes sur France 3 annonce qu'il suspendait son activité à l'antenne "le temps de défendre [son] honneur".
"Mis en cause de façon totalement injustifiée à l'occasion des prestations réalisées par la société Bygmalion au profit de France Télévisions et dans l'attente de ma mise hors de cause définitive, j'ai décidé de suspendre mon activité à l'antenne de France 3 le temps de défendre mon honneur, a écrit Patrick de Carolis dans son communiqué. Je ne renouvellerai donc pas mon contrat de présentateur des Racines et des ailes, émission que j'ai créée en 1997, et interromprai la production et la présentation du magazine le Grand Tour à la fin de l'année." L'intéressé ajoute que cette décision, motivée "par le profond respect" qu'il porte aux téléspectateurs et au Service public, a été prise en concertation avec France Télévisions. Mais pour Libération.fr, ce ne serait pas tout à fait vrai : "Selon nos informations, c'est le président actuel, Rémy Pflimlin, qui a pris la décision de se passer des services de Carolis. Une volonté de tenter de déconnecter l'affaire Bygmalion de France Télévisions."
Bygmalion a été fondée en 2008 par Bastien Millot et Guy Alvès, deux proches de Jean-François Copé, au coeur du volet politique de l'affaire. À la création de cette agence de communication, Bastien Millot est encore salarié de France Télévisions, dont il était le numéro 3 recruté par Patrick de Carolis. Il a pris un congé sabbatique pour créer cette entreprise qui signe très vite d'importants contrats avec France TV pour 1,2 million d'euros.
Fin mai, LePoint.fr faisait de nouvelles révélations sur l'affaire : via sa société Patrick de Carolis Consulting et Participations, Patrick de Carolis aurait touché 120 000 euros de Bygmalion (47 800 euros en 2011, et 71 700 en 2012). "Des rétrocommissions ?", s'interrogeaient nos confrères. Le principal intéressé a réagi immédiatement par la voie de ses avocats : "Écrire ou laisser entendre que les sommes perçues seraient la contrepartie des contrats conclus entre France Télévisions et Bygmalion est absolument faux, inacceptable et diffamatoire, ont écrit Mes Michel Beaussier et Anastasia Pitchouguina, du barreau de Paris. Ces allégations mensongères portent atteinte à son honneur et sa considération et c'est pourquoi Patrick de Carolis engage une procédure en diffamation contre les auteurs de ces allégations."