Warren Beatty et Annette Bening ont quatre enfants. L'aînée Kathlyn est désormais un garçon prénommé Stephen. Après des mois difficiles, où la transsexualité de son enfant ne passait pas, l'acteur s'est enfin réconcilié avec son fils. En janvier 2012, à l'occasion d'un dîner en famille, Warren Beatty saluait le courage de Stephen, à peine âgé de 20 ans. Non seulement Stephen vit comme un garçon depuis qu'il a 14 ans, mais il en a fait un cheval de bataille. Malgré son jeune âge, il est déjà reconnu comme un modèle par la communauté transsexuelle. Il semble reconnaître que ses parents ne l'ont guère aidé dans cette aventure.
En mars, Stephen Ira Beatty se confiait dans une vidéo réalisée pour le site internet WeHappyTrans.com. On y découvre alors un jeune homme charmant, drôle, intelligent, passionné de poésie et de littérature, fan de comic books. On est scotché par son humour, son débit de mitraillette, sa maturité et son sourire qui trahit son jeune âge. Il défie toutes les règles du genre : "Mon nom est Stephen. Je m'identifie comme un homme transsexuel, un homosexuel, un combattant nerd, un écrivain, un artiste et un garçon qui a besoin d'une coupe de cheveux." Stephen se réjouit de rester féminin ("Je porte beaucoup de colliers ou de rubans autour du cou"), sans que le doute ne persiste quant à son identité masculine : "C'est rare que les gens ne voient pas que je suis un garçon et ce malgré mon côté féminin (...) C'est un privilège", dit-il.
Dans cette vidéo, Stephen parle de ceux qui le soutiennent dans sa transition. Et il ne cite pas ses parents : "Mes amis et mes pairs, que j'ai la chance d'avoir rencontrés depuis le lycée, depuis que je suis sorti du placard et ai décidé de vivre comme un garçon à l'âge de 14 ans."
Stephen Ira Beatty étudie en deuxième année à la prestigieuse université Sarah Lawrence College à New York. Il écrit de la poésie, de la fiction, des critiques et espère que ses écrits "aideront les gens à imaginer un monde moins manichéen".
Après Chaz Bono, le fils de Cher, Stephen Ira Beatty est le deuxième enfant de stars à parler publiquement de sa transsexualité.