Très pudique concernant sa vie privée, Edouard Baer est l'heureux papa d'une jeune fille prénommée Iman née en 2006. Celui qui a présenté les Césars en 2015 a néanmoins fait de rares et précieuses confidences auprès des journalistes du magazine Elle en 2013 : "Je ne suis pas secret, je suis discret. Si on me pose des questions, je réponds. Effectivement, j'ai une petite fille de 7 ans, dont je parle dans mon dernier spectacle... A la française ! Je termine ma pièce par : 'Je vois ma fille qui me sourit, en passant la douane à Orly.' Pour le reste, elle a le bon goût de ressembler à sa mère et d'adorer les spectacles de son père. Elle connaît par coeur les chansons du dernier. Pour conclure sur le sujet, je pense que la discrétion est une vertu et une forme d'élégance."
Très élogieux sur sa famille, l'acteur du film Astérix et Obélix : Au service de sa majesté avait révélé à quel point le bien-être de sa fille lui tenait à coeur. Propriétaire d'une sublime maison à Arles (Bouches-du-Rhône), l'ancien maître de cérémonie du 71ème Festival de Cannes a préféré rester à Paris pour que la scolarité de sa fille ne soit pas perturbée malgré ses désirs de création d'entreprise en province. "Ma fille est scolarisée à Paris, sinon je serais parti. J'aurais adoré monter une sorte de 'factory', un endroit qui soit à la fois un théâtre, un studio de cinéma, un restaurant, un music-hall. Et l'ouvrir à Dakar ou Montréal, ou dans une ville de province comme Nantes (...). Mais je le ferai un jour si ma fille peut être scolarisée ailleurs", confiait-il ainsi à Paris Match en 2018.
Et pour cause, l'acteur du film Ouvert la nuit a beaucoup souffert de son admission dans un établissement privé parisien qui l'avait contraint de quitter tous ses amis. "Ça m'a rendu très malheureux. Ce n'était plus mixte, il y avait des relents réacs, antisémites, tout s'est effondré, je n'ai plus réussi, je n'ai pas compris. Mes parents ne se sont pas rendus compte que j'étais triste parce que je ne voulais pas les décevoir, mais ça m'a gâché ces années-là. J'en ai gardé un mauvais rapport avec l'école, pour moi, ça a été un truc carcéral. Du coup, j'ai parfois du mal à bien accompagner ma fille dans sa scolarité... Ce sont des souvenirs qui me glacent, les arguments des curés sur la non-mixité, du genre 'ça déconcentre les garçons de côtoyer les filles" avait-il expliqué à GQ.