Sa mort fut un véritable choc. Décédé à seulement 39 ans d'un cancer des poumons le 10 juin 1999, Elie Kakou laissait derrière lui des milliers de fans, d'acteurs et de personnalités dans la stupeur. Une maladie qu'il a longtemps cachée aux médias et à ses proches comme le confiait sa soeur Brigitte à Télé Star. "On a toujours protégé ma mère. Elle était cardiaque (...) Et ma soeur aînée venait de perdre sa fille d'une leucémie" révélait-elle avec douleur. Inévitablement, le traitement lourd que suit Elie Kakou laisse des traces. Lorsque la chimiothérapie lui provoque une importante perte de cheveux qui inquiète sa mère, l'humoriste répond simplement : "Je fais comme Barthez, c'est très à la mode."
Très protecteur avec sa famille, l'acteur fétiche de La vérité si je mens ! pensait vaincre son cancer comme le dévoilait sa soeur : "Elie, qui espérait guérir, m'a dit : 'Brigitte, on fait rire la famille. Qu'est-ce que je vais aller gâcher leur bonheur en révélant que j'ai un cancer des poumons ?'". Une semaine seulement avant sa mort, Elie Kakou avait finalement annoncé sa maladie à sa mère.
Inconsolable depuis le décès si tragique et si brutal de son frère, Brigitte indiquait au cours de cette interview : "Elie et moi n'avions qu'une année d'écart, alors que quatorze ans nous séparaient de nos aînés. Il avait 13 ans et j'en avais 14 quand nous avons perdu notre père. (...) Une moitié de moi est partie avec lui..."
Le lendemain de sa mort, son dernier film Monsieur Naphtali sortait au cinéma. Depuis, de nombreux hommages ont été rendus à l'humoriste connu pour ses rôles emblématiques de Madame Sarfati ou encore du Prof. Thomas Gilou lui a dédié son film La vérité si je mens ! 2 sorti en 2001. En 2019, vingt ans après sa mort, de nombreux artistes comme Kev Adams, Gad Elmaleh, Jeanfi Janssens, Michel Drucker, Patrick Bruel, Ary Abittan, Enrico Macias ou Chantal Ladesou lui ont rendu hommage à travers un spectacle organisé au Cirque d'Hiver à Paris. Une plaque commémorative a également été posée le 10 septembre 2019 à Marseille, ville dont était originaire l'acteur.
Pour honorer sa mémoire, sa soeur a également créé l'association baptisée Les enfants d'Elie ayant pour objet de venir en aide aux enfants malades. Un rêve pour Elie devenu réalité après sa mort.