Avant de former une famille avec Jérémy Frérot, Laure Manaudou était en couple avec Frédérick Bousquet, célèbre nageur qui a remporté six titres mondiaux ainsi qu'une médaille d'argent aux Jeux Olympiques de Pékin. Ensemble, ils ont eu Manon, aujourd'hui âgée de treize ans.
Mais en mars 2013, alors que Laure Manaudou venait d'annoncer sa retraite sportive, la vie du couple a été bouleversée par un drame : la maman a été contrainte d'avorter de son deuxième enfant pour des raisons médicales. Un drame dans la vie de cette jeune femme qui était alors enceinte de quatre mois.
Pourtant, dans son livre autobiographique Entre les lignes, paru en 2014, Laure Manaudou avait déclaré que la perte de son bébé était probablement un signe du destin, et que c'était "mieux comme ça". En effet, à l'époque, son couple traversait déjà une période difficile. En mettant fin à sa carrière sportive, Laure Manaudou avait rompu le lien qui l'unissait à Frédérick Bousquet. "Si j'avais voulu agrandir notre famille, c'est surtout parce que je voulais pour Manon un frère ou une soeur des mêmes parents qu'elle", explique-t-elle.
La perte de leur deuxième bébé n'a donc qu'accélérer leur séparation, comme elle le précisait : "Mon couple qui était déjà fragilisé ne résiste pas à une telle épreuve. Un mois plus tard, Fred et moi sommes officiellement séparés". Toujours dans ce même ouvrage, Laure Manaudou avait expliqué en toute sincérité : "J'ai l'impression que, Fred et moi, on n'a plus rien à se dire depuis un moment".
Si le couple refusait de voir la réalité en face, c'était notamment pour protéger leur petite fille, Manon, à l'époque, âgée de trois ans. En effet, dans son livre, Laure Manaudou confiait : "Pour Manon, pour ce bébé à venir, je repousse l'idée troublante et inquiétante que peut-être, je ne l'aime plus. Ou plus assez. Alors, je ne dis rien, même si je m'éloigne, qu'il le sent et qu'il en souffre."
Lorsque la rupture a été officialisée, Frédérick Bousquet a craint de perdre sa fille, comme la grande soeur de Florent Manaudou l'expliquait : "Fred a peur que je quitte Marseille pour m'installer à Paris avec Manon". Finalement, le couple est parvenu à trouver un accord en mettant en place une garde partagée, une semaine chez l'un, une semaine chez l'autre.
Aujourd'hui, Manon vit avec sa maman, son beau-père Jérémy Frérot, ainsi que ses deux demi-frères, Lou, né en juillet 2017, et le second en janvier 2021. L'adolescente âgée de treize ans se rend chez son père à chaque vacance.