Avant de démarrer une jolie histoire d'amour avec Vanessa Paradis, Samuel Benchetrit a été en couple avec Marie Trintignant. Ensemble, les deux tourtereaux ont eu un petit Jules, né le 17 avril 1998. Le jeune homme a suivi les pas de ses parents, puisqu'il a décidé d'exercer l'activité de comédien. Son père l'a toujours poussé à réaliser ses rêves et il lui a d'ailleurs permis de jouer dans de nombreux films tels que Chez Gino en 2011, Asphalte en 2015 et Cette musique ne joue pour personne en 2021.
Dans les colonnes du JDD Magazine, en date du 23 avril, Samuel Benchetrit - qui vit parfois comme un ermite - s'est confié sur cette habitude qu'il a gardée depuis la naissance de son fils qu'il a éduqué seul après la mort tragique de sa maman. Le garçon n'avait que 5 ans. "Ayant élevé mon fils seul, j'ai appris à me lever très tôt pour travailler avant de l'amener à l'école", a-t-il raconté à nos confrères. Et d'ajouter : "Ce cadre m'est resté. Je me lève vers 4 ou 5 heures et je travaille pendant trois ou quatre heures d'affilée. C'est un moment où l'on est encore proche des rêves. Il règne une certaine mélancolie."
En disparaissant le 1er août 2003, Marie Trinrignant laisse donc un grand vide derrière elle. Victime des coups de Bertrand Cantat, elle n'a pas eu la chance de voir son fils grandir. "Mon père m'a élevé seul, il était très jeune [il avait 30 ans, ndlr], c'était un peu le bordel, s'est souvenu Jules pour Gala. Et de poursuivre : "Il s'en est très bien sorti, mais les gens ne savent pas ce qu'ont pu être nos galères."
Après avoir eu un enfant avec Richard Kolinka, batteur du groupe Telephone - Roman (36 ans) -, puis un avec François Cluzet - Paul (29 ans) - et un autre avec Mathias Othnin-Girard - Léon (26 ans) - Marie Trintignant est tombée sous le charme de Samuel Benchetrit.
Avant d'épouser Vanessa Paradis, le réalisateur a eu de son côté une relation avec Anna Mouglalis. Le couple a donné naissance à une petite Saül, née le 7 mars 2007.